Projekt 1065 erzählt die Geschichte des 13-jährigen Michael O'Shaunessy. Er ist Ire, lebt aber mit seinen Eltern in Berlin. Wie seine Klassenkameraden ist auch Michael Mitglied der Hitlerjugend. Doch niemand ahnt, dass er und seine Eltern in Wirklichkeit Spione sind. Dank seines fotografischen Gedächtnisses ist Michael ein entscheidender Teil der irischen Mission. Obwohl er alles ablehnt, wofür die Nazis stehen, nimmt er dennoch an den Aktivitäten der Hitlerjugend teil. Er muss sich unter die anderen Gruppenmitglieder mischen und seine Identität um jeden Preis geheim halten. Als ihm einer der Jungen von Projekt 1065 erzählt, einer entscheidenden Geheimmission, die den gesamten Kriegsverlauf beeinflussen könnte, setzt er alles daran, noch tiefer in die Hitlerjugend einzudringen. Michael muss große Risiken eingehen, selbst wenn es ihn alles – und jeden – kosten könnte, den er liebt.